Classe 2009, ruolo centrocampista, Giovanni Baldini è figlio del tecnico Francesco e della sammarinese Cristina Mularoni. Il giovanissimo calciatore Italosammarinese ha firmato il suo primo contratto da professionista con il Bologna. Un accordo fino al 2028 con opzione per la stagione successiva.
Giovanni Baldini è gia in orbita nazionali giovanili, a dicembre 2024 la chiamata del ct Marco Scarpa per il test amichevole in Portogallo.